Як повідомляє Центр інформації УПЦ з посиланням на svlavra.church.ua, у храмі XVII століття відновлено інтер'єр, новий різьблений іконостас, оновлено золочення трьох куполів церкви, замінені деформовані ділянки покрівлі і фасади.
Перший після реставрації молебень очолив намісник Святогірської лаври митрополит Арсеній.
«Щоб цю святиню побудувати на Святій Скелі, треба мати особливий Дух Божий. ... Мало того, що краса природи, Богом створена, печаткою лягла на Святі Гори, але людина Святу Скелю наче царственим вінцем прикрасила цим маленьким за розміром, але великим по благодаті храмом. Святитель Філарет (Гумілевський), служачи у цій церкві, говорив: «Як тут далеко від землі і як тут близько до Бога ...» Тут душа людини наповнюється особливим станом близького Царства Небесного», - зазначив владика Арсеній.
Виникнення храму відноситься до XVII століття. У традиціях печерного храмобудування вівтар церкви вирубаний у крейдяній скелі. Побудований у стилі українського бароко Миколаївський храм на Святій Скелі протягом останніх трьох століть був місцем глибокого шанування і паломництва. Після закриття у 1922 році радянською владою монастиря, храм святителя Миколая був розорений, а в роки Великої Вітчизняної війни напівзруйнований. Перше після десятиліть запустіння богослужіння у храмі було звершено 21 травня 1994 року. Постійні богослужіння у Миколаївській церкві відновлено братією у 1996 році.